Zur Bewältigung diverser Tätigkeiten hat das Stupa AStA-Referate eingerichtet. AStA-ReferentInnen erhalten eine geringe Aufwandsentschädigung. Teilweise sind den Referaten studentische Arbeitskreise angegliedert. Zu unterscheiden ist zwischen AStA- und so genannten Autonomen Referaten. Die gesetzlich nicht verankerten Autonomen Referate sind in der Praxis der studentischen Selbstverwaltung an der FHD und im Gegensatz zu den anderen Referaten, dem StuPa und AStA-Vorsitz nicht weisungsgebunden und rechenschaftspflichtig, sondern ausschließlich den Vollversammlungen der von ihnen vertretenen StudentInnen. Diese Vollversammlungen wählen auch die jeweiligen ReferentInnen: Die Schwulen-VV die Schwulenreferenten, die Frauen-VV die Frauenreferentinnen und die Lesben-VV die Lesbenreferentinnen. Sollten keine absolut schwerwiegenden Gründe vorliegen, die den emanzipatorischen Ansatz des Autonomie-Status konterkarieren, werden die von den VV gewählten ReferentInnen vom AStA-Vorsitz pro forma vorgeschlagen und vom Stupa einstimmig gewählt. Im Rahmen der gesetzlichen Vorgaben entscheiden die autonomen Referate frei über ihre finanziellen Mittel. Grundlage dieses Prozedere ist die Erkenntnis, dass es nicht sinnvoll ist, dass ein in der Regel männer- und heterodominiertes Parlament über die Vertretungen der Schwulen, Lesben und Frauen entscheidet. Beim ursprünglich ebenfalls autonomen AusländerInnenreferat wurde der Autonomiestatus bis auf weiteres außer Kraft gesetzt, nachdem einige reaktionäre, teilweise sogar faschistische Studenten das Referat für ihre Zwecke instrumentalisiert hatten und hierfür, nicht zuletzt aufgrund der geringen Wahlbeteiligung, auch über ausreichend "demokratische" Rükkendeckung verfügten.